El nombre de Samaná, escrito siglos atrás como Xamaná, es el nombre taíno de la región.
El territorio de la provincia fue visitado por Cristóbal Colón en enero de 1493, durante su primer viaje a las Américas. En esa época, Samaná estaba ocupada por pobladores ciguayos y ocurrió el primer encuentro hostil entre europeos y nativos.
Durante los siglos XVI y XVII (e inicios del XVIII), Samaná estuvo prácticamente deshabitado; apenas vivían algunos «cimarrones» (esclavos escapados) y algunos pobladores europeos que intentaban colonizar la región. Entre los europeos, los que más frecuentaban la zona eran ingleses y, principalmente, franceses. Las playas eran usadas para reparar y limpiar («carenar») los cascos de embarcaciones inglesas y francesas; también eran carenadas aquí las embarcaciones de bucaneros y filibusteros. «Carenero» sigue siendo un topónimo en Samaná.
Cada cierto tiempo, pero no de manera continua, las autoridades coloniales españolas hacían expediciones para desalojar a los franceses que intentaban ocupar la región. Incluso llegó a mantener dos galeras en el Cayo Galeras, frente al actual poblado Las Galeras.
En 1756, se fundó la ciudad de Santa Bárbara de Samaná, con familias provenientes de las Islas Canarias, en el lugar llamado Carenero Grande. El poblado se organizó como Parroquia del Partido de La Vega, dentro de la división territorial que tenía entonces el Santo Domingo Español.
